基于国资监管要求，国有企业并购重组具有程序上的特殊性，具体包括决策、实施和监管三大环节。其中，国有企业并购重组的决策程序特殊包括一般性特殊程序和专门性特殊程序。
(一)一般性特殊程序
作为国有企业，在实施任何的并购重组时都会存在一些特殊程序，具体包括：
(1)三重一大程序：“三重一大”是指2010年6月5日中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于进一步推进国有企业贯彻落实“三重一大”决策制度的意见》规定的国有企业重大决策、重要人事任免、重大项目安排和大额度资金运作，应由集体决策。
(2)党组织的地位和作用：中央改革文件明确要求充分发挥党组织在国有企业公司治理中的法定地位和作用，并要求党组织成员与公司治理机关双向进入、交叉任职，公司董事会重大决策需要事先征求党组织意见。
(3)报批报备：对于一级国有企业而言，除了国资监管机构外，通常还会存在业务主管部门，并购重组作为企业重大事项，通常会涉及到国资监管机构的批准(如改制或者国有资产交易)，而业务主管部门也会通过文件对某些重大事项要求报备。对于一级企业所属各级子企业而言，中央改革文件也要求一级企业建立对子企业的管控体系，除了公司法意义上公司治理层面的管控外，也会针对特定事项要求报备。
(二)专门性特殊程序
针对具体的并购重组活动，需要满足相应的法律法规以及其他规范性文件所要求的专门决策程序，包括国有企业改制、国有产权交易、对外投资、国有产权无偿划转等，都已经形成了完善的决策流程和监管要求。